泵站除臭設備進入微生物細胞的異味物質在微生物代謝過程中作為能源和營養物質被分解、轉化成無害、簡單物質，在轉化過程中產生能量，為濾（池）塔中的微生物的生長與繁殖提供能源，使廢臭氣體物質的轉化持續進行。微生物是以種群形式存在，多種微生物共居在一個環境中，微生物的特性即相似又相異，不同的污染物質在自然界都可以找到降解它的微生物。因此在一套裝置里能同時處理凈化多種污染物質。 生物菌種將導致污染物降解成二氧化碳和水，不產生二次污染。

泵站除臭設備惡臭物質的氣體經過去塵增濕或降溫等預處理工藝后，從濾床底部由下往上穿過濾床，通過濾層時惡臭物質從氣相轉移至水-微生物混合相(生物層)，由附著生長在濾料上的微生物的代謝作用而被分解掉。這一方法主要是利用微生物的生物化學作用，使污染物分解，轉化為無害的物質。

微生物利用有機物作為其生長繁殖所需的基質，通過不同的轉化途徑將大分子或結構復雜的有機物經異化作用，氧化分解為簡單的水、二氧化碳等無機物，同時經同化作用并利用異化作用過程中所產生的能量，使微生物的生物體能增長繁殖，為進一步發揮其對有機物的處理能力創造有利的條件。污染物去除的實質是有機物作為營養物質被微生物吸收、代謝及利用。這一過程是物理、化學、物理化學以及生物化學所組成的一個復雜過程。